Valores: el respeto, la honestidad, la constancia, la veracidad, el trabajo, la responsabilidad, la cooperación y la tolerancia; los cuales están inspirados por el Evangelio y por la persona de S.E. Mons. Francisco Orozco y Jiménez (5º arzobispo de Guadalajara, 1864-1936), con el lema: “ciencia, virtud, heroísmo”, el IFOJ se inspira para formar jóvenes en la: Ciencia: dotados de los saberes necesarios para su edad, que les ayuden a establecer una relación de comunión con Dios, consigo mismo, con los hombres y el mundo. Virtud: dotados de fuerza interior y de cualidades que los lleven a actuar de acuerdo a la recta razón y fe. Heroísmo: congruentes con sus principios e ideales y capaces de dar testimonio heroico del Evangelio.